Το πρώην Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων ιδρύθηκε το 2013 (ΦΕΚ 136/Α΄/5−6−2013) αντιμετώπισε με επιτυχία τις προκλήσεις της συγχώνευσης δύο Τμημάτων:

  • Εφαρμογών Πληροφορικής στη Διοίκηση και την Οικονομία (ΕΠΔΟ) [Παράρτημα Λευκάδας] του Τ.Ε.Ι. Ιονίων Νήσων
  • Διοίκησης Επιχειρήσεων [Παράρτημα Ληξουρίου] του Τ.Ε.Ι. Ιονίων Νήσων

Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων είχε δύο εισαγωγικές κατευθύνσεις με ξεχωριστό αριθμό εισακτέων:

  • Διοίκησης Επιχειρήσεων, που προσφέρει μέσα από τον επιστημονικό και ακαδημαϊκό θεματικό  της πεδίο σπουδές στη διοίκηση επιχειρήσεων εστιάζοντας στη δημιουργία οικονομικού και τεχνικού υπόβαθρου και ταυτόχρονα προσφέρει εξειδικευμένες, σύνθετες και σημαντικές γνώσεις στους τομείς του μάρκετινγκ, του δικαίου, της πληροφορικής και της βιώσιμης ανάπτυξης. Η συγκεκριμένη Εισαγωγική Κατεύθυνση από το 5ο εξάμηνο χωρίζεται σε δύο Κατευθύνσεις Προχωρημένου Εξαμήνου τις οποίες οι φοιτητές μπορούν να επιλέξουν:
    • Διοίκηση Επιχειρήσεων
    • Διοίκηση Πληροφοριακών Συστημάτων
  • Διοίκησης Τουριστικών Επιχειρήσεων και Επιχειρήσεων Φιλοξενίας, που καλύπτει τόσο σε ερευνητικό, όσο και σε εκπαιδευτικό επίπεδο σχεδόν όλα τα επιμέρους πεδία του κλάδου του Τουρισμού παρέχοντας μια σειρά άμεσα συναφών διδασκόμενων μαθημάτων στο προπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών.

Με το Ν.4459/2018, το Νέο Τμήμα Περιφερειακής Ανάπτυξης του Ιονίου Πανεπιστημίου με έδρα τη Λευκάδα,  ενσωμάτωσε και εκτελεί το Πρόγραμμα Σπουδών του πρώην Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων του πρώην Τ.Ε.Ι. Ιονίων Νήσων, μέχρι την αποφοίτηση των πρόσφατων εισακτέων του ακαδημαϊκού έτους 2018-19 όπως προβλέπεται.